???item.export.label??? ???item.export.type.endnote??? ???item.export.type.bibtex???

Please use this identifier to cite or link to this item: https://tede.lncc.br/handle/tede/27
???metadata.dc.type???: Dissertação
Title: Dockthor : implementação, aprimoramento e validação de um programa de atracamento receptor-ligante
Other Titles: Dockthor:Implementation, upgrade and validation of a receptor-ligand Docking software
???metadata.dc.creator???: Almeida, Diogo Marinho 
???metadata.dc.contributor.advisor1???: Dardenne, Laurent Emmanuel
First advisor-co: Magalhães, Camila Silva de
???metadata.dc.contributor.referee1???: Caffarena, Ernesto Raúl
???metadata.dc.contributor.referee2???: Barbosa, Helio José Corrêa
???metadata.dc.contributor.referee3???: Andricopulo, Adriano Defini
???metadata.dc.description.resumo???: Os métodos computacionais de docking receptor-ligante são importantes ferramentas utilizadas em estudos na quimica medicinal, auxiliando o processo de descoberta de novos fármacos para alvos moleculares envolvidos em doenças sem tratamento, ou que necessitam de novos tratamentos quimioterápicos. Estes métodos são parte importante dentro da abordagem conhecida como desenho racional de fármacos baseado em estruturas. Esta dissertação apresenta o desenvolvimento da nova versão do programa Dockthor, para docking molecular de ligante flexível, tendo como inovações: (i) uma nova e completa implementação computacional com o aperfeiçoamento do algoritmo genético não-geracional de múltiplas soluções; (ii) a implementação do campo de força molecular MMFF94; (iii) a criação de ferramentas auxiliares para parametrização automática de ligantes, cofatores e receptores protéicos; (iv) introdução da opção de triagem virtual. A nova versão do programa foi validada utilizando dois conjuntos teste. O primeiro envolvendo cinco ligantes altamente flexíveis do receptor HIV-I protease. O segundo, envolvendo 35 complexos receptor-ligante com uma grande diversidade strutural e química nos ligantes, associados a receptores representativos de 18 famílias de proteínas. A validação do programa foi feita através de experimentos de redocking sem utilizar nenhuma etapa de pré-otimizacão do ligante dentro do sítio receptor. Os resultados obtidos são considerados muito bons nos seguintes aspectos: (i) foi obtida uma taxa de sucesso de cerca de 80% (90%) no redocking de ligantes da HIV-1 protease considerando as solucoes de menor energia (menorRMSD); (ii) foi obtida uma taxa de sucesso de cerca de 94% (99%) no redocking do conjunto mais amplo de ligantes considerando as solucoes de menor energia (menor RMSD); (iii) com exceção de dois casos, todas as soluções de menor energia encontradas apresentavam um RMSD < 2.5 _A com relação a estrutura experimental. Os excelentes resultados obtidos nos experimentos de redocking mostram que o programa está apto para estudos de interações receptor-ligante envolvendo moléculas de interesse na química medicinal. As facilidades introduzidas no programa Dockthor permitirão a sua disponibilização e uso pela comunidade acadêmica e grupos de pesquisa atuantes na área de desenho racional de fármacos.
Keywords: Algoritmos genéticos
Bioinformática
Biologia molecular- Processamento eletrônico de Dados
Atracamento r-ligante
Desenho racional de fármacos
???metadata.dc.subject.cnpq???: CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOQUIMICA::BIOLOGIA MOLECULAR
Language: por
???metadata.dc.publisher.country???: BR
Publisher: Laboratório Nacional de Computação Científica
???metadata.dc.publisher.initials???: LNCC
???metadata.dc.publisher.department???: Serviço de Análise e Apoio a Formação de Recursos Humanos
???metadata.dc.publisher.program???: Programa de Pós-Graduação em Modelagem Computacional
Citation: ALMEIDA, Diogo Marinho. Dockthor:Implementation, upgrade and validation of a receptor-ligand Docking software. 2011. 137 f. Dissertação (Mestrado em Modelagem computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, 2011.
???metadata.dc.rights???: Acesso Aberto
URI: https://tede.lncc.br/handle/tede/27
Issue Date: 24-Mar-2011
Appears in Collections:Teses

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
Diogo_Marinho.pdf3.42 MBAdobe PDFThumbnail

Download/Open Preview


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.